Mendeteksi keberadaan Trojan merupakan sebuah tindakan yang agak sulit dilakukan. Cara termudah adalah dengan melihat port-port mana yang terbuka dan sedang berada dalam keadaan "listening", dengan menggunakan utilitas tertentu semacam Netstat. Hal ini dikarenakan banyak Trojan berjalan sebagai sebuah layanan sistem, dan bekerja di latar belakang (background), sehingga Trojan-Trojan tersebut dapat menerima perintah dari penyerang dari jarak jauh. Ketika sebuah transmisi UDP atau TCP dilakukan, tapi transmisi tersebut dari port (yang berada dalam keadaan "listening") atau alamat yang tidak dikenali, maka hal tersebut bisa dijadikan pedoman bahwa sistem yang bersangkutan telah terinfeksi oleh Trojan Horse.
Berikut ini adalah contoh penggunaan utilitas Netstat dalam Windows XP Professional
C:\>netstat -a -b
Active Connections
Proto Local Address Foreign Address State PID
TCP windows-xp:epmap 0.0.0.0:0 LISTENING 956
c:\windows\system32\WS2_32.dll
C:\WINDOWS\system32\RPCRT4.dll
c:\windows\system32\rpcss.dll
C:\WINDOWS\system32\svchost.exe
-- unknown component(s) --
[svchost.exe]
TCP windows-xp:microsoft-ds 0.0.0.0:0 LISTENING 4
[System]
TCP windows-xp:50300 0.0.0.0:0 LISTENING 1908
[oodag.exe]
TCP windows-xp:1025 0.0.0.0:0 LISTENING 496
[alg.exe]
TCP windows-xp:1030 0.0.0.0:0 LISTENING 1252
[ccApp.exe]
UDP windows-xp:microsoft-ds *:* 4
[System]
UDP windows-xp:4500 *:* 724
[lsass.exe]
UDP windows-xp:isakmp *:* 724
[lsass.exe]
UDP windows-xp:1900 *:* 1192
c:\windows\system32\WS2_32.dll
c:\windows\system32\ssdpsrv.dll
C:\WINDOWS\system32\ADVAPI32.dll
C:\WINDOWS\system32\kernel32.dll
[svchost.exe]
UDP windows-xp:ntp *:* 1036
c:\windows\system32\WS2_32.dll
c:\windows\system32\w32time.dll
ntdll.dll
C:\WINDOWS\system32\kernel32.dll
[svchost.exe]
Membuat Snapshot
Cara lainnya yang dapat digunakan adalah dengan membuat sebuah "snapshot" terhadap semua berkas program (*.EXE, *.DLL, *.COM, *.VXD, dan lain-lain) dan membandingkannya seiring dengan waktu dengan versi-versi terdahulunya, dalam kondisi komputer tidak terkoneksi ke jaringan. Hal ini dapat dilakukan dengan membuat sebuah checksum terhadap semua berkas program (dengan CRC atau MD5 atau mekanisme lainnya). Karena seringnya Trojan dimasukkan ke dalam direktori di mana sistem operasi berada (\WINDOWS atau \WINNT untuk Windows atau /bin, /usr/bin, /sbin, /usr/sbin dalam keluarga UNIX), maka yang patut dicurigai adalah berkas-berkas yang berada di dalam direktori tersebut. Banyak berkas yang dapat dicurigai, khususnya berkas-berkas program yang memiliki nama yang mirip dengan berkas yang "baik-baik" (seperti "svch0st.exe", dari yang seharusnya "svchost.exe", sebuah berkas yang dijalankan oleh banyak layanan sistem operasi Windows) dapat dicurigai sebagai Trojan Horse.
Antivirus
Cara terakhir adalah dengan menggunakan sebuah perangkat lunak antivirus, yang dilengkapi kemampuan untuk mendeteksi Trojan yang dipadukan dengan firewall yang memonitor setiap transmisi yang masuk dan keluar. Cara ini lebih efisien, tapi lebih mahal, karena umumnya perangkat lunak antivirus yang dipadukan dengan firewall memiliki harga yang lebih mahal dibandingkan dengan dua cara di atas (yang cenderung "gratis"). Memang, ada beberapa perangkat yang gratis, tapi tetap saja dibutuhkan waktu, tenaga dan uang untuk mendapatkannya (mengunduhnya dari Internet).
